Cara Mengonversi File TXT ke FASTA

Studi klinis dilakukan untuk menganalisis data urutan protein dan menemukan pengobatan untuk penyakit. Data urutan protein diletakkan dalam format FASTA (fast-all) sehingga program perangkat lunak memahami cara memproses urutan data. Format FASTA memiliki hingga 80 karakter per baris data urutan dan menggunakan standar kode IUB/IUPAC (International Union of Biochemistry/International Union of Pure and Applied Chemistry). Mengonversi file TXT (teks biasa) ke format FASTA melibatkan pengeditan atau penambahan data urutan berformat FASTA ke file teks yang ada dengan baris data urutan protein. Program editor teks seperti Notepad membuat ini mudah dilakukan.

Buka file teks urutan protein yang ingin Anda edit dalam program pengeditan teks seperti Notepad.

Edit atau tambahkan baris deskripsi untuk mengikuti format FASTA. Misalnya, >gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (TERKAIT OVALBUMIN) adalah baris deskripsi FASTA yang valid. Baris ini memberikan deskripsi unik untuk baris data urutan yang mengikuti. Format FASTA memerlukan penggunaan simbol lebih besar dari (>) sehingga program perangkat lunak dapat mengidentifikasi informasi deskriptif yang unik dan menghindari pemrosesan deskripsi sebagai garis urutan data protein.

Tekan tombol "Enter" untuk memasukkan jeda baris setelah baris deskripsi diedit.

Edit atau tambahkan format baris data urutan protein agar sesuai dengan kode standar IUB/IUPAC. Standar IUB/IUPAC menggunakan huruf alfabet untuk mewakili kode yang dapat diterima atau urutan kueri untuk asam amino atau asam nukleat dalam format FASTA. Misalnya, QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE mewakili satu baris data urutan yang valid karena dimulai dengan huruf "Q," mewakili glutamin, dan diakhiri dengan huruf "E," mewakili glutamat.

Tambahkan lebih banyak baris data urutan, edit baris data urutan yang ada atau tambahkan jeda baris setelah 80 karakter sesuai kebutuhan. Mengikuti standar baris data urutan FASTA dan jeda baris memastikan bahwa program mengikuti instruksi yang terkait dengan glutamin, glutamat, dan kode huruf lainnya. Huruf-huruf dalam standar IUB/IUPAC hanyalah instruksi untuk program perangkat lunak yang memproses data berformat FASTA.

Klik "File," pilih "Simpan" lalu klik tombol "Simpan". File TXT Anda sekarang dalam format FASTA.